会社合併の手続きの流れ｜手順と費用・円滑に進めるポイントを解説

会社合併は事業承継の有力な選択肢ですが、手続きの手順がわからず悩む経営者の方は少なくありません。

会社合併には株主や債権者への対応、登記といった複雑な法定手続きが多く、スケジュールや費用の見通しが立てにくいものです。

本記事では、M&A専門家の視点から会社合併の手続きを段階ごとにわかりやすく解説し、必要書類や期間、税務上の注意点まで網羅します。

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会社合併とは？M&A手法の一つ

会社合併とは、複数の会社を一つの法人格に統合するM&A（企業の合併・買収）手法の一つであり、会社法に基づく組織再編行為です。経営資源を一つに集約することで、以下の効果を狙います。

• 企業の拡大
• 事業の効率化
• 市場での競争力強化

会社合併の基本的な知識を整理していきましょう。

会社合併と買収（株式譲渡）の違い

M&Aの主要な手法として合併以外に買収（株式譲渡）が挙げられますが、両者は法的に異なります。
違いを以下にまとめました。

吸収合併では少なくとも一つの会社の法人格が消滅しますが、株式譲渡では各会社の法人格がそのまま存続する（経営権のみ譲受側に移転する）点が異なります。

吸収合併と新設合併の違い

会社合併には、主に吸収合併と新設合併の2種類があります。吸収合併は既存の会社（存続会社）がもう一方（消滅会社）を吸収する手法で、新設合併は新しい会社を設立してすべての会社の権利を移転させる手法です。

吸収合併は存続会社の許認可や契約関係を維持しやすく、円滑に統合を進められる傾向にあります。新設合併は免許の再取得が必要な点やコスト面での負荷が大きいため、選択されるケースはほとんどなく、実務上は吸収合併が大半を占めます。

会社合併のメリット・デメリット

本章では主に合併によって吸収される側の視点から、会社合併のメリット・デメリットを解説します。

メリット

会社合併の主なメリットは以下の通りです。

• シナジー効果の創出
  販売網の拡大、技術の融合、間接部門の効率化など、多角的な相乗効果が期待できる。
• 事業規模の拡大
  市場シェアを高め、スケールメリットによるコスト削減や価格交渉力の向上が見込める。
• 迅速な事業展開
  新規事業を一から立ち上げるよりも早く、市場への参入や事業領域の拡大が可能。
• 組織の強固化
  従業員や資産が法的に一つの会社に統合されるため、グループ経営よりも強固な一体感が生まれやすい。
• 権利義務の包括的承継
  契約を再度個別に締結し直す必要がなく、取引先との関係を維持しやすい側面もある。

特に単独での成長が困難な中小企業にとっては、相手企業のブランド力や資金力を活かして経営基盤を安定させ、従業員の雇用を維持できる点がメリットです。

デメリット（リスク）

会社合併には以下のデメリットやリスクもあります。

• PMI（経営統合）の負担
  異なる企業文化や人事制度、ITシステムを統合するプロセスが煩雑で、組織の混乱を招くケースがある。
• 一部の権利・義務のみの譲渡は不可
  消滅会社の権利・義務を包括承継するため、特定の権利（許認可、取引契約など）のみを選択して譲渡できない。
• 従業員の離反
  合併による環境変化への不安から、優秀な人材が流出するリスクがある。
• 手続きの複雑さとコスト
  債権者保護手続きなどの法的手続きが煩雑で、完了までに数カ月単位の時間と費用がかかる。

統合後は人事評価制度や給与体系を含め、存続企業のルールやシステムに合わせるケースが一般的です。消滅会社にとっては、自社の独自性や企業文化が失われる可能性があります。

手続きのコストや統合プロセスでの心理的負担も考慮し、慎重に検討を進めましょう。

会社合併の手続きと必要書類

会社合併の手続きは、会社法に定められたプロセスに沿って進める必要があります。以下では、実務で多く用いられる吸収合併を例に手続きの流れを解説します。

1．事前準備、交渉

まず、合併の目的を明確にし、候補先と条件を調整します。

上場企業が関わる場合は適時開示や臨時報告書の提出が求められます。一定規模を超える案件では独占禁止法に基づく審査を受けるため、公正取引委員会への事前届出が不可欠です。

同じタイミングで弁護士やM&A仲介会社などの専門家と連携し、初期的なデューデリジェンス（企業調査）に着手することが一般的です。

2．合併契約の締結

両社間の基本的な条件が固まったら、各社の取締役会での承認決議を経て合併契約書を締結します（会社法第749条）。

内容に不備があると無効になる恐れがあるため、法務の専門家による確認を受けましょう。

3．合併契約に関する書面の事前開示（備置き）

合併契約を締結したら、合併契約の内容や直近の財務諸表などを記載した書類を本店に備え置きます（事前開示）。

事前開示の目的は、株主や債権者が合併の是非を判断する機会を設けるためです。株主総会の2週間前または通知・公告の日のいずれか早い日から開示を開始し、効力発生日後6カ月が経過するまで据え置くことが定められています（会社法第782条）。

4．合併承認株主総会

合併は会社の経営に重大な影響を与えるため、合併承認株主総会で契約内容について株主から承認を得ます。

• 特別決議の要件：原則として、議決権の過半数を有する株主が出席し、出席した株主の議決権の3分の2以上の賛成が必要（会社法第309条2）

ただし以下の条件下では株主総会を省略できるケースもあります。

• 簡易合併：存続会社にとって合併の影響が軽微な場合に、存続会社の株主総会を省略可能
• 略式合併：親子会社間など、一方の会社が他方の会社の議決権の90%以上を保有している場合に、子会社側の株主総会を省略可能

5．反対株主・新株予約権者への通知または公告

反対株主・新株予約権者への通知または公告を実施します。効力発生日の20日前までに個別に通知するか、官報への公告が必要です。

合併に反対する株主には、自己の株式を公正な価格で買い取るよう会社に請求する権利（株式買取請求権）が認められています（合併によって不利益を受ける可能性のある少数株主を保護するための制度）。

6．債権者に対する官報公告、各別の催告

合併に異議を申し立てる機会を債権者に与えるために、官報公告、各別の催告を実施します。合併による組織再編は債権者にも多大な影響を及ぼす可能性があるためです。

【官報公告、各別の催告（債権者保護手続き）の流れ】

1. 官報公告：国の機関紙である官報に、合併する旨と、債権者が1カ月以上の異議申述期間内に異議を述べられる旨を掲載します。
2. 個別催告：会社が把握している個別の債権者に対して、書面で同様の内容を通知します。
   ※定款で定めた方法（日刊新聞紙や電子公告）で公告した場合は、個別催告を省略可能。

もし債権者から異議が申し立てられた場合、会社は弁済（返済）するか、相当の担保を提供するなどの対応が必要です。

7．吸収合併の効力発生

合併契約書で定めた効力発生日に、法的な合併の効力が生じます。この日をもって、消滅会社の法人格はなくなり、すべての権利義務が存続会社に包括的に承継されます。

【承継される権利義務の例】

• 従業員の雇用契約
• 取引先との契約関係
• 不動産の所有権などの資産
• 負債

8．吸収合併に関する書面等の事後開示（本店備置き）

合併の効力が発生した後、遅滞なく事後開示書面を作成し、本店に備え置く必要があります（本店備置き・会社法第782条）。合併手続きが適正に行われたことを報告し、透明性を確保するための手続きです。

【主な記載事項】

• 合併の効力発生日
• 手続きの経過
• 承継した資産・負債の詳細

備置期間は効力発生日から6カ月間で、株主や債権者はいつでも閲覧、謄本請求が可能です。

9．登記

合併の効力発生日から2週間以内に、法務局へ登記申請を行う必要があります（会社法第921条）。期限を過ぎると過料の対象となる可能性がある点に留意しましょう。

• 存続会社：役員変更や資本金増加などを反映する変更登記
• 消滅会社：会社が解散したことを示す解散登記

専門知識が必要なため司法書士と連携して申請しましょう。登記をもって初めて、第三者に対し合併の事実を対抗できます。

管理部門（総務・経理・人事）が準備すべき書類一覧

会社合併で管理部門が準備すべき書類を以下にまとめました。

会社合併の手続きにかかる期間（スケジュール）

合併手続きの準備から登記完了までは数カ月単位の時間がかかります。

経営統合を円滑に進めるには余裕のある計画策定が欠かせません。各工程の期限を逆算し、専門家のアドバイスを得て進行管理を徹底してください。

会社合併の手続きにかかる費用と税金

会社合併の手続きには、登記費用や官報公告代などの実費に加え、専門家への報酬が発生します。税務上の取り扱いによって納税額が変動するため、事前にコストシミュレーションを実施しましょう。

費用と税金一覧

合併にかかる費用は、会社の規模や事案の複雑さによって大きく変動します。
以下は一般的な費用の内訳と目安です。

適格合併・非適格合併の違い

適格合併とは、一定の要件を満たした場合に税制上の特例（優遇措置）が適用される法人税法上の制度です。該当する場合は資産移転時の譲渡益が非課税となる一方で、非適格合併となる場合は資産の含み益に課税されるなど、税負担が重くなります。

両者の違いを以下にまとめました。

（情報参照元：e-Gov法令検索「法人税法第2条12の8」「法人税法施行令第4条3項」）

適格合併の要件は大変複雑なため、税理士などの専門家のサポートを得て進めることが肝心です。

会社合併を円滑に進めるための注意点

会社合併は法的な手続きの完了がゴールではなく、新しい組織としてのスタートラインに過ぎません。合併後に期待したシナジー効果を実現し、事業を成長に導くために以下のポイントを押さえておきましょう。

PMI（合併後統合）を見据えて準備する

会社合併の手続きと同時進行で、以下のPMI（合併後統合）を見据えて準備を進めましょう。

【PMI（Post Merger Integration：合併後の経営統合プロセス）一覧】

• 企業文化の融合
• 人事評価や報酬制度の統一
• 会計システムやITインフラの統合
• 従業員への丁寧なコミュニケーション

統合後のシミュレーションが不十分な場合、業務フローの変更により現場の混乱や顧客へのサービス低下を招く恐れがあります。統合後のシナジーを早期に発揮できるよう、成約前から具体的なアクションプランを策定しましょう。

事前に負の資産（簿外債務）を洗い出す

合併後の経営リスクを抑えるためには、事前に負の資産（簿外債務）を洗い出す作業が不可欠です。

合併では消滅会社のすべての義務を承継するため、負の資産を見落とせば存続会社の致命傷にもなりかねません。特に以下の調査を徹底してください。

• 未払いの残業代
• 社会保険料の滞納
• 係争中の訴訟リスク
• 退職給付引当金の不足
• 製品の瑕疵担保責任

弁護士や会計士による徹底したデューデリジェンス（DD）を実施し、透明性の高い情報開示の体制を整えましょう。

統合時の従業員フォローを徹底する

優秀な人材の流出を防ぐために、統合時の従業員フォローを徹底してください。

組織が一つになると、給与体系や人事評価制度、福利厚生といった労働条件が変化する場合もあります。消滅会社の従業員が大きな不利益を受けることのないよう、給与水準を数年かけて段階的に統一するなどの配慮が不可欠です（労働契約法第9条・ただし書き、第10条）。

また、経営陣から合併の目的や将来の展望を直接伝え、不安を解消する機会を設けることも一案です。

• 個別面談を通じて新会社でのキャリアパスを提示する
• タウンホールミーティングを開催する

異なる社内文化の摩擦を最小限に抑え、心理的な安全性を確保しながら融合を進めましょう。

計画段階から専門家のサポートを得る

合併の計画段階から専門家のサポートを得ることも大切です。

会社合併には法務や税務、会計、労務など多岐にわたる専門知識が不可欠です。手続きの初期段階から、各分野の専門家（弁護士、税理士、司法書士、M&A仲介会社など）と連携し、手続きの不備や遅延を回避しましょう。

複雑なスケジュール管理や相手方との条件交渉をプロへ一任することで、経営者は本業に専念でき、スムーズな事業の引き継ぎが可能です。

また、検討段階で相談すれば、経営状況に応じて合併以外のM&A手法を提案してもらえることも少なくありません。M&Aの専門家であれば、税負担の軽減や早期成約といった経営者の希望に沿った選択肢を提示してくれるので、早期に相談してみましょう。

円滑な会社合併手続きは専門家への相談から

会社合併手続きを円滑に進めるには、早期の段階から専門家へ相談することが大切です。合併には高度な専門知識が不可欠であり、準備から効力発生まで厳格なプロセスを踏む必要があるためです。

確かなノウハウを持つプロの伴走があれば、統合後のトラブルを未然に防げます。まずは信頼できるM&A専門家にアドバイスを依頼し、二人三脚で会社と事業を未来へつなげる最善の道を選択してください。

M&AフォースではM&Aコンサルティングの最新事情がわかる資料をご用意しています。会社の価値がわからない、会社の価値がどう決まるのか知りたいという方は「“売れる”会社のヒントにつながる9つの質問」をダウンロードしてください。